Nació el 30 de julio de 1869 en el rancho La Sementera, correspondiente al municipio de Totatiche. Luego de haber desempeñado oficios sencillos durante los primeros 19 años de su vida, se matriculó en el Seminario Conciliar de Guadalajara en octubre de 1888, y sus ilusiones de pastor se vieron coronadas al ser designado a la Parroquia de su pueblo natal.

Estando ahí, sin embargo, con la suspensión del culto público decretada por los obispos el 1° de agosto de 1926, los católicos del lugar y de la región, apoyados por la Unión Popular, asociación de activistas unidos a la Liga Nacional Defensora de la Libertad Religiosa, se organizaron para restaurar los derechos que consideraban conculcados. El P. Cristóbal Magallanes reprobó que recurrieran a las armas y publicó en artículo en su periódico, en el que desechó la violencia: «La religión ni se propagó, ni se ha de conservar por medio de las armas. Ni Jesucristo, ni los Apóstoles, ni la Iglesia han empleado la violencia con ese fin. Las armas de la Iglesia son el convencimiento y la persuasión por medio de la palabra", pronunció.

La mañana del 21 de mayo de 1927 fue aprendido por un grupo de soldados del ejército federal, capitaneados por el General Francisco Goñi. Compartió la prisión con su ministro, el joven Presbítero Agustín Caloca y ambos quedaron a disposición del jefe de operaciones militares de Zacatecas, el general poblano Anacleto López. El general Goñi acusó al párroco de sostener la rebelión contra el Gobierno en esa comarca, y pese a que demostró lo contrario, le imputaron otro delito: No habrán tenido parte alguna en el movimiento cristero, pero basta que sean sacerdotes para hacerlos responsables de la rebelión, se dictaminó.

La mañana del 25 de mayo, fueron conducidos a la casa municipal de Colotlán, Jalisco, para ser ejecutados. El señor Cura Magallanes se hincó para recibir del Padre Caloca la absolución sacramental, y él, a su vez, la recibió luego de su párroco. Ante sus verdugos, el Padre Cristóbal dijo en voz alta: «Soy y muero inocente; perdono de corazón a los autores de mi muerte y pido a Dios que mi sangre sirva para la paz de los mexicanos desunidos». Viendo su ministro acosado por la aflicción, le dijo: «Padre, sólo un momento y estaremos en el Cielo». Fueron sus últimas palabras. Sus reliquias se veneran con particular devoción en el templo parroquial de Totatiche.